پزشکان از بوتاکس برای درمان برخی از بیماری‌های ناشی از اختلالات سیستم عصبی و عضلانی استفاده می‌کنند.

از جمله کاربردهای درمانی بوتاکس مورد تایید FDA می‌توان به موارد زیر اشاره کرد:

• دیستونی گردن (انقباض غیرارادی عضلات گردن)
• افتادگی پلک ناشی از عدم‌تعادل عضلات چشم
• میگرن مزمن
• پرش عضلات چشم یا پریدن پلک
• تعریق بیش‌ از حد بدن در شرایط عادی به‌خصوص در نواحی کف دست، پا و زیربغل (هایپرهیدروز)
• بعضی از اختلالات و بیماری‌های عصبی مانند فلج مغزی
• اختلال در عملکرد مثانه، کاهش بی‌اختیاری ادرار و بهبود مثانه پرکار
• ترمیم موهای آسیب‌دیده